Sparkly_Apply с функцией Coxph - PullRequest
Новая
       18

Sparkly_Apply с функцией Coxph

0 голосов
/ 18 октября 2019

Я пытаюсь запустить функцию выживания coxph () с помощью Spark_Apply, но я получаю ошибку ниже 

Error in file(con, "r") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(con, "r") :
  cannot open file 'C:\Users\XXXX\AppData\Local\Temp\1\Rtmpusw8Aw\file344868ef1e07_spark.log': Permission denied

Я видел эту ошибку всякий раз, когда давал неправильную команду R, но в этом случае мой coxphкоманда работает нормально в R

Spark_Apply с ссылкой на линейную регрессию https://spark.rstudio.com/

Я знаю, что spark_apply просто пытается распределить данные настолько, насколько это возможно. В моем вопросе я хочу знать, что я делаю по ошибке, или spark_apply не может запустить модели выживания, или мне нужно каким-либо образом импортировать функцию выживания, чтобы сверкнуть R.

R Код: 

coxph(Surv(t_start, t_stop, t_trans)~1,data_input)

O / p: 

   Null model
      log likelihood= -XXX 
      n= XX

Код Sparklr: 

data<-copy_to(sc,data_input)

spark_apply(
  data,
  function(e) coxph(Surv(t_start, t_stop, t_trans)~1,e),

)

O / p: 

Error in file(con, "r") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(con, "r") :
  cannot open file 'C:\Users\XXXX\AppData\Local\Temp\1\Rtmpusw8Aw\file344868ef1e07_spark.log': Permission denied
...