ОК, я нашел решение, которое работает для меня (довольно быстро и не приводит к поломке моего компьютера).
> #first convert the list of igrpahs to list of data.frames
> subgraph_list_df <- lapply(subgraph_list, as_data_frame)
> # then combine all the data.frames in the list into one data.frame
> subgraph_df <- do.call(rbind, subgraph_list_df)
> #then make a graph out of the one combined data.frame
> subgraph <- graph_from_data_frame(subgraph_df , directed = FALSE)
для моих целей я знаю, что подграфы изолированы (нет общих ребер)между ними). Но если они связаны, нужно просто сделать уникальный (subgraph_df), чтобы избавиться от повторяющихся ребер перед преобразованием в граф.