Пример :
rng = pd.date_range('2017-04-03', periods=3).astype(str)
time_df = pd.DataFrame({'s': rng, 'a': rng})
print (time_df)
s a
0 2017-04-03 2017-04-03
1 2017-04-04 2017-04-04
2 2017-04-05 2017-04-05
Использовать DataFrame.apply
с преобразованием в дату-время, а затем в собственный формат эпохи путем преобразования в массив numpy, а затем в целые числа:
f = lambda x: pd.to_datetime(x, infer_datetime_format=True).values.astype(np.int64)
#pandas 0.24+
#f = lambda x: pd.to_datetime(x, infer_datetime_format=True).to_numpy().astype(np.int64)
time_df = time_df.apply(f)
print (time_df)
s a
0 1491177600000000000 1491177600000000000
1 1491264000000000000 1491264000000000000
2 1491350400000000000 1491350400000000000