Рабочее пространство указывается с помощью аргумента -data
:
-data /path/to/workspace
Можно использовать несколько специальных значений, наиболее полезными из которых являются @user.home
для домашнего каталога пользователя
-data @user.home/myworkspace
Полная информация в Опции времени выполнения Eclipse Страница справки