Похоже, что основное отличие состоит в том, что реализация из Apache commons "громче": она выдаст исключение, если каталог для создания уже существует, но на самом деле это файл. Похоже, идея заключалась в том, чтобы обернуть реализацию JRE, которая возвращает false
вместо исключения в случае неудачного создания каталога.