Команда git subtree делает именно то, что вы хотите. Выполните следующую команду в TargetRepo в ветви, в которую вы хотите добавить ее:
git subtree add --prefix=folder <git-url-of-SourceRepo> master
Это добавит основную ветку SourceRepo в папку в вашем TargetRepo.