Пока вы определяете, в какой файл вы записываете (а не определяете его по URL) , не должно быть большого риска: единственное, что вы Пользователь получит содержимое, которое вы напишете в файл, и если вы не запустите этот файл, а просто прочитаете его, все будет в порядке.
Идея регистрации 404 ошибок таким способом не нова: я видел, что это делалось довольно много раз, и никогда не сталкивался с какой-либо серьезной проблемой с этим (самой большой проблемой, которую я видел, был файл, который стал довольно большим быстро, потому что было слишком много ошибок ^^)
Например, Drupal делает следующее: регистрируется 404 ошибки, но в базу данных, поэтому их проще анализировать с помощью веб-интерфейса.