Из того, что я вижу в консоли разработчика, открывающей ваше jsfiddle, я не вижу никакого "события", прикрепленного к вашей кнопке загрузки.
Я не могу сказать вам, почему это происходит (я не такой эксперт), но, возможно, вызов .contentWindow.document.body.innerHTML;
как-то меняет контекст DOM наiframe (только предположение), и кажется, что вы больше не можете получить доступ к идентификатору кнопки #cmd
.
Попробуйте изменить свой код следующим образом и посмотрите, работает ли он:
$(document).ready(function() {
$("#cmd").click(function(){
const innerFrame = document.getElementById('testing').contentWindow.document.body.innerHTML;
exportFile('new-file.html', $innerFrame.innerHTML);
});
});