Как мне использовать функцию table (x, y), где у меня есть один столбец x для нескольких столбцов y в R? - PullRequest
0 голосов
/ 01 ноября 2019

Я пытаюсь создать таблицу на случай непредвиденных обстоятельств, в которой у меня есть один столбец «KAL» (или, в данном случае, назначенная мною переменная, которая имеет категориальные значения) по сравнению с другими столбцами «цитология», «пигментация»,"атипия" и тд.

Мои данные выглядят примерно так:


  `Study ID` tissuetype genomicevent   cnv ptert cytology atypia inflmm pigment ulceration
  <chr>      <fct>      <fct>        <dbl> <dbl> <fct>    <fct>  <fct>  <fct>   <fct>     
1 1          1          1                1     0 2        1      0      0       0         
2 2          1          8                1     0 2        1      0      0       0         
3 3          1          0                1     0 2        1      0      0       1         
4 4          1          12               1     1 1        2      0      0       0         
5 5          1          4                1     0 1        0      0      2       0         
6 6          2          1                1     0 0        2      1      1       0    

Я перекодировал "genomicevent" в переменную "KAL", которая имеет двоичные значения:

table(KAL)
KAL
 0  1 
93 14 

Пока чтоЯ использовал функцию CrossTable, как показано ниже:

CrossTable(KAL, tumor$cytology, fisher=TRUE)
CrossTable(KAL, tumor$atypia, fisher=TRUE)
CrossTable(KAL, tumor$inflmm, fisher=TRUE)

Теперь, первый вопрос: есть ли способ сделать код выше более эффективным? Например, я попытался обойтись без успеха:

CrossTable(KAL, tumor[,6:9], fisher=TRUE).

Когда я запускаю приведенный выше код, я получаю сообщение об ошибке:

Error in CrossTable(KAL, tumor[, 4:6], fisher = TRUE) : 
  x and y must have the same length

Пишет функцию, необходимую для этого типа задачи? Если так, то как? Я также попытался сделать следующее:

fisher.tumor <- function(x) {
  fisher <- CrossTable(x, tumor$cytology, fisher=TRUE)
  return(fisher)
}

fisher.tumor(KAL)

Для чего-то подобного выше, как бы я эффективно применил функцию к другим столбцам, таким как "атипия", "пигментация"?

Я очень плохо знаком с R, и я много занимался поиском этой проблемы, но пока не нашел хорошего ответа. Очень ценю вашу помощь!

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...