Пусть первый кубик будет, int [] firstDice = new int [] {1,1,2,2,3};
Пусть второй кубик будет, int [] secondDice = new int [] {3,3,4,4,5};
Чтобы проверить, отличается ли каждая пара, просто выполните итерацию по обоим одновременно (при условии, что количество кубиков одинаково). Вот пример метода:
private boolean checkDifferentDice(int [] firstDice, int [] secondDice){
boolean result = true;
for (int i = 0; i < firstDice.length; i++)
{
if (firstDice[i] == secondDice[i])
return false;
}
return result;
}