Вы также устанавливали Eclipse с инструментами разработки J2EE? Вы можете скачать другую версию Eclipse, стандартная версия поставляется только с инструментами J2SE.
Вы должны увидеть папку Tomcat, которая позволяет вам выбрать папку для установки версии tomcat, которую вы выбираете.