Здесь мы можем напрямую получить минимальный индекс столбца, создав логический вектор с colSums
sapply(file_list, function(x) which(colSums(x == 1) > 0)[1])
data
file_list <- list(data.frame(col1 = c(5, 3, 1, 2, 3), col2 = c(3, 4, 5, 1, 4)),
data.frame(col1 = c(5, 3, 2, 2, 1), col2 = c(3, 4, 5, 1, 4)))