Наконец-то выясни это сам. Это потому, что я не включил MKL в компиляции. Правильный способ компилировать ваш TF с оптимизацией набора команд ЦП - это добавить "--config = mkl -c opt --copt = mavx2"
Это уменьшит примерно 20% прогнозируемой стоимости времени в моем проекте.