Менеджер пакетов в Anaconda и Miniconda идентичен (Conda), поэтому нет необходимости устанавливать Miniconda в вашей системе, если вы хотите сохранить Anaconda. Создание envs с
conda create -n myenv python some_packages
будет иметь одинаковый результат в любом случае, за исключением того, что они поддерживают разные кэши пакетов - следовательно, у вас есть только недостаток при установке обоих. Удалите один, и вам, вероятно, также необходимо очистить скрипт инициализации оболочки (например, .bash_profile), так как установщики редактируют это.