Может быть, написать рекурсивную функцию, которая выводит список всех папок и файлов в директории, помещает содержимое каждого файла в массив более высокого уровня, а затем вызывает себя для каждой из папок? Sth like (непроверенный код):
function outerfun(dir)
function innerfun!(dir, filecontents)
for name in readdir(dir)
if isdir(name)
innerfun!(name, filecontents)
else
push!(readlines(name), filecontents)
end
end
end
filecontents = Array{String}[]
innerfun!(dir, filecontents)
filecontents
end