Как показывает вопрос, мне интересно, почему контрольные точки всегда отстают от 9 байтов LSN. Когда набираете show engine innodb status;, вот выходной фрагмент:
Log sequence number 57214271
Log flushed up to 57214271
Pages flushed up to 57214271
Last checkpoint at 57214262
Так кто-нибудь знает причину?