Предполагая, что ваша таблица является пользователем, вы должны установить параметр столько раз, сколько вам нужно, например:
$dql = "SELECT u.id, u.password, u.lastLoginIp, u.lastLoginDate
FROM User u WHERE u.status = '1' AND (u.code = :n0 OR u.email = :n1 OR u.secretKey = :n2)";
$query = $this->_em->createQuery($dql);
$query->setParameter('n0', $this->username);
$query->setParameter('n1', $this->your_code);
$query->setParameter('n2', $this->your_key);
$query->setMaxResults(1);
$results = $query->getArrayResult();
print_r($results);