Я хотел бы использовать этот код (ссылка следует) для объединения и переформатирования двух файлов. Я использую Python 3.7. Я также добавил строку в верхней части кода (чуть выше "dir ="), чтобы перейти к определенному каталогу на внешней машине:
os.chdir("/externalDirectory)
https://github.com/pollardtp/asepylot/blob/master/cp2k/xyzcell2gro.py
Моя проблема в том, что я вообще ничего не получаю - даже ошибок. Мои имена файлов могут быть проблемой. У меня очень мало опыта работы со своего рода манипуляциями со строками, используемыми в примере кода, и я не смог найти в сети никаких ресурсов (что я могу понять), чтобы убедиться, что код соответствует моим именам файлов. Буду очень признателен за любые советы.
Вот краткие примеры двух файлов, которые я хочу объединить. Они на самом деле намного длиннее, чем показано здесь. Я извиняюсь, потому что не могу найти инструменты форматирования для распознавания заголовков в (1) ниже для каждого столбца:
- Имя: ar1o1.ai-1.cell
Шаг времени [фс] Топор [Ангстрем] Ай [Ангстрем] Аз [Ангстрем] Bx [Ангстрем] Б [Ангстрем] Bz [Ангстрем] Cx [Ангстрем] Cy [Ангстрем] Cz [Ангстрем] Объем [Ангстрем ^ 3]
0 0.000 13.6105000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6105000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6105000000 2521.2867393576
1 0.500 13.6102685896 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6102685896 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6102685896 2521.1581382194
2 1.000 13.6101388560 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6101388560 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6101388560 2521.0860435793
3 1.500 13.6101072636 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6101072636 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6101072636 2521.0684874332
4 2.000 13.6101684346 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6101684346 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6101684346 2521.1024806622
5 2.500 13.6103158075 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6103158075 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6103158075 2521.1843781105
6 3.000 13.6105421149 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6105421149 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6105421149 2521.3101442384
7 3.500 13.6108396949 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6108396949 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6108396949 2521.4755251397
8 4.000 13.6112007464 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6112007464 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6112007464 2521.6761902243
9 4.500 13.6116175884 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6116175884 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6116175884 2521.9078757315
10 5.000 13.6120829540 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6120829540 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 13.6120829540 2522.1665480108
Имя: ar1o1.ai-pos-1.xyz Каждая строка в (1) выше соответствует одному блоку, подобному показанному ниже:
193
i = 0, time = 0.000, E = -1862.5354785273
Ar 2.7122680189 11.0569574242 6.8765696187
Ar 1.7122680189 7.0569574242 2.8765696187
Ar 9.8778827417 5.5336942397 3.4088988234
Ar 10.1738894899 10.9594639697 10.1225475792
Ar 1.7122680189 10.5695742424 2.8765696187
Ar 0.8778827417 -0.5336942397 0.4088988234
Ar 0.1738894899 6.9594639697 -2.1225475792
Ar -8.0921793354 6.4673780979 2.6251511813
Ar -5.1738894899 -0.9594639697 -7.1225475792
Ar 4.1738894899 -7.9594639697 12.1225475792
Ar -1.8883177192 2.5779469261 0.5653027312
Ar -12.1788878042 -11.1797317728 -4.1689581282
Ar -1.2437143627 -7.3450060106 8.1546181679
Ar -13.1569987126 -10.8930038241 3.9846746417
F 12.8778827417 12.0000000000 9.2088988234
F 8.8778827417 9.5336942397 5.4088988234
F 10.8778827417 6.5336942397 4.4088988234
F -3.1804249835 -8.0511664361 -0.0634952634
F -2.3180424984 -2.8051166436 -2.0634952634
F 0.2825887288 7.5730975228 8.4890272614
F -2.1081443718 -2.7537095541 1.0701130638
F 13.1804249835 2.0051166436 10.6349526336
F -10.5034667856 -10.2143171298 10.2319427035
F 9.5399907183 6.1139006636 8.1850398107
F -3.6244579979 -2.1357924886 -7.4495906624
F -9.5307587140 -5.9247290040 1.8917478200
F -11.9194078734 -3.0578316157 -4.7429014962
F -2.3180424984 -0.2805116644 -10.6349526336
O -7.6415350292 6.0494971539 8.1919697993
H -6.6418362233 5.9231018862 8.4056822626
H -8.0518670684 6.3158684817 9.0061271154
O 26.8252967820 20.4661074967 17.8025744066
H 26.4477411207 20.4071029058 16.9121571912
H 26.4399648474 21.2950722068 18.1009273227
O 9.7969899605 -3.6862465008 -13.5983841774
H 9.1770475981 -4.1166444002 -13.0084523440
H 9.4355677986 -3.8791356276 -14.4327460918
O 10.9460655813 12.7176262648 11.2970131628
H 10.0391090538 12.9077389574 11.3800060439
H 11.2756367722 13.0379976472 10.4191481401
O 20.2466902057 31.0050977306 -1.3359780128
H 20.3299362589 30.2785268556 -1.9389296619
H 19.6777003080 31.6357105750 -1.5547295952
O 21.2957332204 33.1293109140 -25.0659621071
H 20.3592711216 33.4253012981 -25.4466125806
H 20.9447652999 32.6466105918 -24.3916283018
O 0.7089288469 0.9307218017 22.9887982360
H 1.5314847901 0.8490749712 22.5310575601
H 0.5441430575 1.8872689418 23.2516621019
O 7.3746399907 14.3127592248 16.5348425161
H 6.5466007130 14.4254548501 16.9898139753
H 7.6052849206 13.6548168638 17.2493931576
O -6.2347290063 -1.5730966968 -9.5686602890
H -5.4871593186 -1.6530761338 -8.8561541827
H -6.7718035739 -2.3758355460 -9.4506081988
O 4.1237105737 27.8526125809 -17.5407129949
H 4.0923702511 26.9653003049 -17.9585134396
H 5.0631655714 28.1049626855 -17.7355819766
O 3.9048095294 10.9993650354 22.9499923672
H 4.0062720530 10.0140488786 23.1826699218
H 4.0861516253 11.3866144745 23.7864610303
O 19.0152979810 -5.9351715692 6.2028042600
H 18.4605234390 -6.4745692172 5.6818014424
H 19.2396476008 -6.4620406550 7.0197658840
O 11.0216358276 34.6048257097 2.7305894550
H 11.1156056781 34.8319742757 1.8093110583
H 10.3400079464 34.0000601295 2.5693445273
O -10.5157839088 -7.9329341608 11.2106091514
H -11.0911091981 -7.5398024873 10.5018246096
H -10.3672907509 -8.7924109255 10.7746607022
O 4.4319386598 -1.5485855862 25.4116039540
H 3.8570621037 -1.1935351322 26.0861339612
H 5.0469005808 -0.8262948212 25.4201892039
O 28.5645454640 -4.9878471784 -8.5188991222
H 27.7186740182 -5.4723705471 -8.6074721317
H 28.7413452558 -5.1328247796 -7.6181314142
O 16.8076195127 10.3926352256 17.4717976356
H 16.2530097537 9.7296103637 18.0059385107
H 17.4412376654 10.6960518511 18.0799239677
O 5.6986236520 10.5704587253 -7.8979614715
H 5.8645730931 10.8767613035 -6.9360787362
H 5.8763439263 9.6219767116 -7.7972609625
O -1.6407533652 22.4531576331 5.6999323132
H -1.2083966517 23.3511084324 5.8486751133
H -1.7580177109 22.0530093062 6.5574926186
O 24.2598161445 -19.7226302002 -16.0055656572
H 24.3640761910 -20.2051321253 -16.8160776202
H 23.4525468337 -20.1148735380 -15.7114773145
O 9.2705509590 5.2402601219 -1.4945948419
H 8.5640801519 4.5826338761 -1.3955554634
H 8.8326348516 6.0846007796 -1.5550973663
O 6.7394024871 17.2847757154 5.2451914312
H 6.7363545254 18.1918031920 5.5153954946
H 5.8131435731 17.0790377545 5.3952865725
O -11.5260348557 -1.3910515053 33.6725762018
H -11.0833545205 -0.9944057312 34.5242654623
H -11.8815687893 -2.1376245948 34.2516036689
O -1.2330960240 26.7412103644 0.1296496076
H -0.3152599709 26.8434758121 -0.0739406639
H -1.6953595955 26.4806945583 -0.6883021997
O 8.7319453941 -9.9465252126 1.1548249643
H 8.1761266121 -9.2009663887 1.4999148594
H 9.4588283911 -9.4157820738 0.7865321336
O 49.1697997010 22.2411405409 -10.9989465732
H 48.3460125030 22.5975059284 -11.4079883272
H 49.1394469315 21.2525900906 -10.8811842790
O -32.2425222512 -11.3290845584 20.0288188258
H -31.2915257379 -10.9759507595 19.9166953724
H -32.7790952965 -10.9571378105 19.3141077428
O 17.3769639982 -10.4566394995 -12.2995408109
H 17.0648451297 -10.3530827607 -13.1979643339
H 17.1392239476 -9.6829211738 -11.7378212738
O 2.6135141953 33.1156286937 13.9345526957
H 3.3624134886 33.2391962148 14.5552438523
H 3.0213989872 33.1458067063 13.0930867071
O 14.5868377751 -2.6932021902 41.9781290382
H 14.0183707192 -1.9622717176 41.8173424621
H 13.9900845341 -3.3879238021 41.6910543874
O 21.5682597668 21.4293306110 11.8403196986
H 20.6823955164 21.5051771355 12.2788554732
H 21.4446865446 22.1422689608 11.1588448084
O 12.2991311296 10.6771343120 3.3375311410
H 13.1329813282 10.4565465159 3.7574072871
H 12.3953351295 10.2803575302 2.4686832579
O 22.2452045723 -5.8265081271 5.5871982404
H 21.3379297867 -6.0485326488 5.5357369261
H 22.5300973477 -6.3351844227 6.3453040119
O 16.9469554316 9.1243814143 11.8756849655
H 15.9526431659 9.0875886079 11.6429859630
H 17.0485195211 9.9875834892 12.1262729288
O 9.7177305035 -14.3859617906 27.8249890678
H 10.5597701723 -14.4154957715 27.4579044287
H 9.6831695556 -15.1552382005 28.4839326083
O -13.6629108327 -4.4064514621 25.1733098360
H -14.4945017496 -3.8741912777 25.0838650214
H -13.5645567274 -4.8489294687 24.2748243500
O -9.5725632503 2.8494928664 5.0341617995
H -9.8240786064 3.6326650241 4.4811963649
H -10.4268869379 2.5490604344 5.3934970589
O 30.9209730443 15.7884134053 25.4431217306
H 30.0732436836 15.4317938882 25.8198996058
H 30.9138257239 15.2320325770 24.6544943959
O 20.7186373918 -29.1517489603 -5.1848175387
H 20.7964057340 -28.8962777381 -4.1961956958
H 21.0306547989 -30.0389295043 -4.9674084411
O 28.1483028042 2.4421645637 0.1614008599
H 27.9271773579 2.8934717406 0.9710036546
H 27.6102281854 2.9438149002 -0.5073743121
O 19.2573687885 -26.4681252463 5.0466679158
H 18.4368324971 -26.1261185266 4.8355672553
H 19.0775425303 -27.3926151754 5.3973629690
O 5.0863788932 21.0777169993 24.3314638993
H 5.2558551253 21.8585269636 24.9170292706
H 4.1658859927 21.1561319289 24.6037099710
O -9.9631443476 13.4016216675 14.4930730935
H -10.6124219485 14.0611136748 14.7535667973
H -9.2394049364 13.9589151957 13.9875674460
O 21.4850576900 9.3083240745 9.3080377410
H 21.3588305469 8.3963662823 8.9884720521
H 22.3492526429 9.5757056237 9.0756430545
O 11.7169508101 14.0684767368 22.3097978896
H 12.7015382313 13.9668778739 22.4072210705
H 11.5794463796 13.5486532966 21.4759857852
O -39.8747286372 7.9144049409 -12.4730405107
H -39.2204883948 8.1730444648 -11.7345840582
H -39.3598200123 7.1970660440 -12.8927245625
O 28.1420851786 26.8894975529 -1.4821582577
H 28.3697519000 26.3264425437 -2.2012787625
H 27.4388820545 27.4701009434 -1.9620414935
O 5.6758154044 -2.0660881295 -12.0661764907
H 6.1352696534 -1.6650086364 -11.3198092630
H 5.0281327828 -1.2884553067 -12.3273453096
O 19.6844300889 15.5059126119 7.5128869969
H 19.7873260091 15.4137513544 6.5620955177
H 19.1156666084 16.2773164458 7.6245454335
O 12.5843221980 14.0239342588 -9.4777377365
H 13.3115615139 13.9548937120 -8.7818887849
H 12.3621501981 13.1113725912 -9.7424996330
O 28.4243673438 17.2676141431 4.7338459663
H 27.7504748671 17.2876360485 5.3693363679
H 28.0761065985 17.7945008662 3.9831593545
O 5.8742121177 14.8289039331 27.1099161454
H 5.3525824684 15.6592131853 27.1997053836
H 6.3065976417 15.1533492507 26.2850297064
O 8.5132167875 -10.5559447104 9.0104455180
H 8.2704214796 -9.6416914485 9.0119939760
H 8.0019786219 -10.7045800387 8.2403481006
O -2.6083160392 15.6658631769 12.6584207732
H -2.3887803942 15.0559933110 13.4106958795
H -2.1417933909 16.4695507075 13.0638755274
O -3.7869936202 30.1040185005 3.4711169518
H -4.6481985268 29.7561844031 3.5419630263
H -3.9660833918 30.5706402147 2.6657978969