Используйте метод ApplicationClass.XDocuments.Close и передайте ему объект документа:
using System;
using Microsoft.Office.Interop.InfoPath;
namespace ConsoleApplication1
{
class Program
{
static void Main(string[] args)
{
var app = new ApplicationClass();
var uri = @".\form1.xml";
var doc = app.XDocuments.Open(uri, 0);
app.XDocuments.Close(doc);
}
}
}