Существует разница между именем / меткой узла и его идентификацией. Когда узел не имеет имени / метки, его идентификация принимается как имя / метка.
Не уверен, что именно то, что вы хотели (в противном случае проясните свой вопрос).
digraph {
subgraph cluster_0 {
color = red
A -> D
A -> C
C -> D
}
subgraph cluster_1 {
color = blue
node C2 [label="C"]
B -> C2
B -> E
C2 -> E
}
}
ИзКомментарий OP (изображение должно быть в исходном вопросе) выглядит так, как будто OP хочет что-то похожее на:
digraph {
subgraph cluster_2 {
color = none;
node C
}
subgraph cluster_0 {
color = red
A -> D
A -> C
C -> D
}
subgraph cluster_1 {
color = blue
B -> C
B -> E
C -> E
}
}
это изображение не дает точную картинку, которую хочет OP, но я думаю, что направление и некоторые настройки пробега вместе снекоторые скрытые узлы и ребра должны давать правильную картинку.