Вот быстрое решение для bash:
c=0
while IFS=: read a b ;do
x[$c]="$a"
y[$c]="$b"
c=$((c+1))
done < input.txt
Мы отправляем input.txt в цикл while, используя Разделитель полей ввода: и читаем первое число каждой строки как $ a, а второе число как$ б. Затем мы добавляем их в массив, как вы указали. Мы используем счетчик $ c для итерации местоположения в массивах.