Что обычно делается, так это разрешает запись только в подкаталоги, которые, как мы надеемся, находятся в смонтированном разделе noexec.
Тем не менее, мне кажется, что вам нужно просто создать набор директив RewriteMap для выполнения динамического перенаправления, для этого не нужно записывать файлы в корень документа.
Я ответил аналогичным образом в другом вопросе , просто для полноты.