ваш вопрос недостаточно ясен, но я постараюсь вам помочь, насколько я могу понять из вашего поста и вашего кода.
listOfList = [
[1,2,3],
[4,5,6]];
newList = [];
for idx, l in enumerate(listOfList):
if idx == 0:
for x in l:
newList.append(x+2)
else:
for x in l:
newList.append(x-2)
print(newList)
кстати, я не понимаю, как вы хотитевызвать другую функцию python для запуска фрагмента кода. у вас есть функции, используйте их, чтобы прояснить ситуацию. и в этом примере вы можете избежать использования (если idx == 0 .... else) и попытаться сначала запустить первый список в listOfList, а затем использовать цикл для остальной части listOfList.