Если это случай инкрементного обновления, вы можете просто ограничить вставку новых данных с помощью cron / scheduling.
Загружать записи XYZ каждую минуту, посмотреть, завершено ли предыдущее обновление, создать файл блокировки, отложенную вставку, промыть и повторить.
Если вы хотите по-настоящему разбираться в этом, попросите скрипт обновления проверить загрузку сервера во время выполнения и соответствующим образом скорректировать количество импортов.
Это приведет к появлению свежих данных в пакетном режиме, но позволит вам поддерживать работу сайта во время его обновления.