Я писал об этом несколько месяцев назад, объяснение вы найдете в этом посте
По сути, вам просто нужно добавить элемент <DependentUpon>
в ваш дополнительный файл с выделенным кодом:
<Compile Include="Window1.Foo.cs">
<DependentUpon>Window1.xaml</DependentUpon>
</Compile>
В качестве примечания: зачем вам второй файл с выделенным кодом? Я думаю, что один достаточно плох;). Если вы используете шаблон типа MVVM , вам почти никогда не потребуется писать какой-либо код позади ...