Попробуйте использовать - runtime-tmpdir , поскольку при запуске сгенерированного exe-файла ему нужен этот файл libshiboken2.abi3.5.13.dylib и не удается перехватить этот файл.
Решение: используйте - add-data & - runtime-tmpdir в командной строке pyinstaller.
pyinstaller -F --add-data "путь / libshiboken2.abi3.5.13.dylib": "** PATH " - время выполнения-tmpdir temp_dir_name your_program.py
здесь PATH = имя каталога этого файла, который ищется. -F = один файл