Если index.html находится в папке, которая должна представлять репозиторий Git, вы должны убедиться, что в этой папке есть подпапка .git /, что сделает указанную папку правильным репозиторием Git
cd C:\path\to\my\file
git init .
Тогда git status
не покажет все эти системные папки Windows.
Как прокомментировано, убедитесь, что у вас нет каталога %USERPROFILE%\.git\
, так как это сделает ваши все Профиль пользователя "Gig-репозиторий"