скопировать много файлов из подкаталогов

Question

Я пытаюсь скопировать / переместить файлы из многих подкаталогов в одну папку:

new.folder <- "path/to/new/folder"
files <- basename(list.files(path, recursive = T))
file.copy(from=files, to=new.folder)

к сожалению, я получаю ошибки для всех файлов:

In file.copy(from = files, to = new.folder):
  problem copying ./E202.fastq.gz to /path/to/new/folder/E202.fastq.gz: No such file or directory

Буду признателен за любую помощьЯ новичок в R.

Answer 1

Убедитесь, что все файлы существуют:

all(file.exists(files))

В противном случае используйте full.names = TRUE

files <- list.files(path, recursive = TRUE, full.names = TRUE)

Поскольку, если вы этого не сделаете, файлы будут считаться текущимкаталог

getwd()

, который может или не может быть эквивалентен path