Опция --skip-worktree
предназначена для редких проверок;он не предназначен для того, чтобы вы могли изменять файлы, не зная об этом Git. Нет способа изменить файлы, которые отслеживаются, без ведома Git об этом.
Если вам нужно сделать это, вам нужно будет сохранить ваши изменения и восстановить их. Однако это, как вы и предполагали, неоптимальный рабочий процесс.
Как правило, если вы пытаетесь изменить файл конфигурации или такой, который отмечен, лучшим подходом является создание шаблона для этого файла, который выпроверьте и затем сгенерируйте файл конфигурации, используя шаблон. Это позволяет вам задавать пользовательские параметры конфигурации в разных средах, изменяя конфигурацию шаблона.