Если вы хотите отслеживать, что происходит, добавьте несколько отпечатков и свой двоичный результат, куда вы его сохраняете? Я предлагаю str, может быть список int, я не знаю, но это один из способов (используя вашу логику в качестве основы):
n=int(input("enter a number"))
binary = ""
while n > 1:
rest = n % 2
n //= 2
print("rest: {}".format(rest), "step: {}".format(n))
binary = str(rest) + binary
if(n>=1):
binary ="1" + binary
print(binary)
пример:
enter a number: <b>2045</b>
1. rest: 1 step: 1022
2. rest: 0 step: 511
3. rest: 1 step: 255
4. rest: 1 step: 127
5. rest: 1 step: 63
6. rest: 1 step: 31
7. rest: 1 step: 15
8. rest: 1 step: 7
9. rest: 1 step: 3
10. rest: 1 step: 1
11111111101