Вы можете изменить направление оси так, чтобы ваш график был перевернут, но значения Y по-прежнему верны.
y = [4 5 6 9 10 20 22 25 22 20 15 10 0];
x = 0:12;
data = rot90(cat(1, x, y));
figure('Name','Data','NumberTitle','off');
plot(data(:,1),data(:,2),'r','LineWidth',2);
figure('Name','max(y) - y','NumberTitle','off');
y2 = max(y) - y;
plot(x, y2, 'r', 'LineWidth', 2);
figure('Name','ax.YDir reverse','NumberTitle','off');
plot(data(:,1),data(:,2),'r','LineWidth',2);
ax = gca;
ax.YDir = 'reverse';