Невозможно установить границы страны из этого шейп-файла, поскольку он не содержит информацию о границах страны. Вам необходимо будет использовать шейп-файл, такой как этот, который содержит информацию о границах страны: http://rds.icimod.org/Home/DataDetail?metadataId=1218, или подмножество, использующее отдельный шейп-файл границы Непала вместо экстента:
require(maptools)
require(rgdal)
hkh_shp=readOGR("/Downloads/data/outline.shp")
data(wrld_simpl) ##this shapefile is quite coarse, you could substitute another one
nepal_shp=wrld_simpl[which(wrld_simpl$NAME=="Nepal"),]
##CRS are similar but not identical, so need to transform
nepal_shp=spTransform(nepal_shp,crs(hkh_shp))
plot(hkh_shp)
lines(nepal_shp,col="red")
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/3u5v0.png)
##crop
hkh_sub_shp=crop(hkh_shp,nepal_shp)
plot(hkh_sub_shp) ##note, will look better with higher resolution shapefile
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/3ZuO8.png)