У меня есть две директории с тремя файлами в каждой. Я хочу объединить файл1 из каталога 1 в файл2 в каталоге2
Вопрос не ясен, но я думаю, вы ищете мягких и жестких ссылок в Linux.
Попробуйте
ln -s /root/dir1 /root/dir2
, и вы можете использовать жесткие ссылкиесли dire1 и dir2 находятся в одном разделе файловой системы.
ln /root/dir1 /root/dir2