Не уверен, если это возможно, потому что Botocore может не поддерживать это. Главным образом дело в том, чтобы Amazon исправил свой Python API.
Например, модуль Docker отлично работает, разделяя конфигурацию между cli и python-api.
Очевидно, что я предполагал, что вы выполняли эту команду локально как тот же пользователь, потому что в противном случае конфигурация aws, которую вы сделали, явно не использовалась бы.