JavaScript (AJAX) и PHP - это два разных языка. Единственный способ работать с использованием коротких кодов в WordPress - это PHP.
Решением было бы вставить div или какой-либо другой элемент, который вам нужен, используя шорткод, и присвоить ему уникальный идентификатор или имя класса. Затем, используя JavaScript, вы можете проверить, сохраняется ли элемент на странице, и если это так, сделать AJAX-вызов, который выполняет процесс, который вы хотели бы выполнить.
Другой вариант - выяснить, почему он требуетсятак долго, прежде чем шорткод будет сгенерирован. Может быть, есть возможность кешировать результат и мгновенно обслужить его?