Для манипулирования файлами и каталогами смотрите модуль Python os . Он содержит такие команды, как ...
os.mkdir('/MyNewDir')
os.walk()
os.getcwd()
shutil содержит команды для копирования файлов, такие как ...
from shutil import copyfile
src = "/home/user/dir/filename.ext"
dst = "/MyNewDir/filename.ext"
copyfile(src, dst)
Для взаимодействия с git, посмотрите в GitPython особенно обращая внимание на пульты .
Наконец, убедитесь, что вы понимаете, как работать с github в целом.