Как правильно указать значения 'mustart' для glmer (и simr)? - PullRequest
0 голосов
/ 25 октября 2019

Я пытаюсь построить модель для некоторых данных как внутри-субъектных, так и между предметными факторами. У меня возникают некоторые проблемы при попытке провести анализ мощности и оценку размера выборки с помощью simr.

. Вот некоторые смоделированные данные и модели, которые демонстрируют мои проблемы:

## List of required packages
Pkgs <- c("tidyverse","magrittr", "lme4", "lmerTest", "MCMCglmm", "simr")

# Load packages
lapply(Pkgs, require, c = T)

## Build a simulated data set
Sub_Group <- data.frame(Subject = LETTERS[1:20], 
                        Group = c(rep("Y", 10), rep("Z", 10)))

Cat_Item <- data.frame(expand.grid(Category = c(rep("U", 25), rep("V", 25)), 
                                        Item = factor(rep(c(1:25),2))))

Cond <- data.frame(Condition = letters[1:5])

Cond_Cat_Item <- merge(Cond, Cat_Item, by = NULL)

Data <- merge(Sub_Group, Cond_Cat_Item, by = NULL) %>%
        mutate(Y = round(rtnorm(nrow(.), 4.5, 2, 1, 9), digits = 0))

## Run initial glmer without any specified starting values

summary(Mod1 <- glmer(Y ~ Category + Condition + Group +
                             (1 + Group|Subject),
                     data = Data,
        family = gaussian(link = "log")))

plot(powerCurve(extend(Mod1, along = "Subject", n = 50), along = "Subject", nsim = 10))

# Errors suggesting to provide starting values
lastResult()$errors
# "cannot find valid starting values: please specify some"

## Second glmer with starting values
summary(Mod2 <- glmer(Y ~ Category + Condition + Group +
                             (1 + Group|Subject),
                     data = Data,
                     mustart = Data$Y,
                     family = gaussian(link = "log")))

plot(powerCurve(extend(Mod2, along = "Subject", n = 50), along = "Subject", nsim = 10))

## Errors regarding variable lengths
lastResult()$errors

# "variable lengths differ (found for '(mustart)')"

I 'Мне интересно, правильно ли я указываю значения mustart (даже если модель работает нормально), или есть проблема или что-то, что я должен сделать для powerSim.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...