Использование компиляции из командной строки тривиально для простой базовой программы, но становится сложнее и невозможнее, когда вы пытаетесь скомпилировать «настоящую программу». Я имею в виду не большой набор простых исходных файлов, например, библиотеки с некоторыми опциями компилятора.
Для этой цели существуют различные системы сборки, и я рекомендую вам CMake.
Это кроссплатформенная система сборки с открытым исходным кодом, очень мощная и простая в использовании.
Я использую его каждый день, и я думаю, что его легче использовать, чем другие, такие как AutoTools
Более подробная информация о: www.cmake.org