В общем, вы не можете ничего сказать о клиенте. Если вы попытаетесь предотвратить попадание приложений, не относящихся к Silverlight, на ваш сайт, злонамеренный клиент может легко выдать себя за приложение Silverlight, и вы вернетесь к исходной точке.
То есть это не эффективный способ защитить сервер. Чтобы обезопасить свой сервер, предположите, что все клиенты попадут на ваш сайт, и начните с него.
Edit:
Позвольте мне изменить это так, чтобы сказать, что если вы хотите войти в мир взаимной аутентификации, вы можете настроить PKI для управления сертификатами, выдавать пользовательские сертификаты для всех ваших пользователей, и тогда вы будете знать, кто ваши пользователи. Тем не менее, один из них может быть злым (и талантливым) и внедрить сертификат в другого клиента.