Таймер принадлежит потоку, который вызвал SetTimer. При желании он может быть связан с HWND (дескриптором окна), который также имеет схожую привязку к потоку.
Если поток завершается или уничтожается, все таймеры в этом потоке умирают вместе с ним, независимо от того, вызван ли KillTimer. Больше нет насоса сообщений для отправки этих сообщений WM_TIMER, когда умирает владелец потока.
И если таймер связан с HWND, таймер также неявно уничтожается при уничтожении HWND.
Учитывая все это, хорошей идеей будет явный вызов KillTimer, который позволит неявно очистить объект таймера.