Я не могу поверить, что проблема вызвана чем-то, кроме старой версии d3, которую вы используете.
Вероятно, ошибки, которые вы видите в отношении отсутствующих модулей, могут быть вызваны тем, что вы запустили npm install и это сгенерироваломножество ошибок, которые вы либо не заметили, либо умышленно проигнорировали, но попытались все равно продолжить, как будто ничего не случилось. Или, может быть, npm install работал нормально, но ваша папка node_modules содержит кучу остатков от проекта React.js? Что произойдет, если вы удалите папку node_modules и попробуете снова запустить npm install?
Как работало оригинальное приложение React.js, которое вы упомянули, я не могу сказать, тем более что вы не указали ссылку наупомянутый вами исходный код GitHub. Возможно, он использовал более старую версию React, которая, в свою очередь, требовала других более старых зависимостей. Решение использовать последнюю версию Angular несколько расходится с решением использовать такую старую версию d3 в том же проекте.
Единственное предложение, которое у меня есть (если оно еще не очевидно), - кусатьи обновите свой проект до последней версии d3. Да, вам придется изменить способ вызова кода на d3, так как d3 несколько изменился между версией 3 и версией 5. Но это очень плохо.