Нет необходимости добавлять поле «ID». Но это будет лучше использовать. Это то что ты хочешь? это для класса пользователя
@OneToMany(mappedBy="user")
private Set<Authorities> authorities;
и для класса полномочий
@ManyToOne
@JoinColumn(name="user_id", nullable=false)
private User user;