Я думаю, что вы не используете если - иначе, если правильно, я имею в виду, вы хотите проверить, во-первых, если оба пароля XX.getPassword () одинаковы, также вы хотите проверить, если они не равны нулю, такЯ думаю, что вы должны поставить нулевую проверку в качестве второго условия вместо else (путь, если первое условие неверно). Как то так:
if (Arrays.equals(p1.getPassword(), p2.getPassword())) {
if (p1 != null && p2 != null){
JOptionPane.showMessageDialog(null, "Registered Successfully", "Login Warning", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
}else{
JOptionPane.showMessageDialog(null, "Passwords do not match or some. Or one of them is blank", "Woops", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
}}else {
JOptionPane.showMessageDialog(null, "Something were wroing.", "Woops", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);}