Вы делаете все это на стороне сервера или на стороне клиента java-script?
Если все это на стороне сервера, почему бы не поставить флажок перед именем при динамическом присвоении им имени:
<input type="checkbox" name="checkbox_someRandomeName" value="something" />
Затем вы можете зациклить опубликованные переменные и посмотреть, начинается ли имя с «флажка»:
ParameterMap paramMap = request.getParameterMap();
// Loop through the list of parameters.
Iterator y = paramMap.keySet().iterator();
while (y.hasNext()) {
String name = (String) y.next();
if name.startswith("checkbox"){
// do something
}
}