Ваши явно "отсутствующие" данные на самом деле на месте, но они не отображаются .
Стандарт отображения MutliIndex по умолчанию состоит в том, что "повторяющиеся" значения просто скрыты.
Чтобы переопределить это поведение, запустите:
pd.options.display.multi_sparse = False
и снова отобразите свой DataFrame.
Но если вы хотите изменить стандарт отображения только для одного распечатка, прогон:
with pd.option_context('display.multi_sparse', False):
print(<your_DataFrame>)