Это называется «назначение». Когда data[i, j] помещается с левой стороны от <-, подмножество выбранного data заменяется с правой стороны от <-. Или, перефразируя как в документах:
help('[')
Индексирование может происходить в правой части выражения для извлечения или в левой части для замены. Когда индексное выражение появляется в левой части присваивания (так называемого поднабора), тогда для этой части x устанавливается значение в правой части присваивания
Так что происходящее здесь связано сдо [] и <-, которые будут объединены, и это произойдет независимо от функции (%in%, seq, + и т. д.), используемой для получения i или j части data[i, j]. Тот факт, что %in% используется, на самом деле не имеет никакого влияния, потому что он делает то же самое, что и без присваивания <-, то есть создает логический вектор.