Я подозреваю, что conda вмешивается в virtualenv в вашей настройке. Вы установили conda в virtualenv?
Обратите внимание, что вы также можете безопасно закрыть окно терминала и открыть новое, не используя deactivate
.
Вы также можете попробовать активировать другую виртуальную среду. ,Вы можете сделать это, не отключая сначала. Тогда вы сможете деактивироваться из другой среды.