Вы не можете сделать это, так как защита филиала является собственностью филиала. Если ветвь не существует, вы не можете включить ее свойство защиты ветви, так как вы не можете установить свойство несуществующего объекта. Эта функция была введена, поскольку в потоке GitHub обычной практикой является защита главной ветви (которая создается при создании репозитория), поэтому единственный способ внести в нее изменения - это запрос на извлечение, который должен быть сначала одобрен.
Что вы можете сделать сейчас (в качестве временного решения) - это сначала создать репозиторий (с помощью terraform), затем создать ветки (с некоторым сценарием, использующим github api), а затем применить защиту включенных веток с помощью terraform.
Кроме того, я бы также рекомендовал вам добавить описание вашего варианта использования в сообщении о проблеме на странице github предоставленной terraform github и запросить функцию для создания веток, которые должны решить вашу проблему.