Вот простое решение в O (N), где N - общее количество элементов.
Основная идея состоит в том, чтобы подсчитать для каждого элемента, сколько раз оно появляется во всех списках. Затем вы можете отфильтровать каждый список, сохранив только элементы, которые появляются один раз.
from collections import Counter
a = [1,2,3,4]
b = [2,5,6,7]
c = [3,6,8,9]
# Count how many times each elements appear.
counter = Counter()
for l in [a,b,c]:
counter.update(l)
print(counter)
# If an element appears only once, it is an unique element !
for l in [a,b,c]:
print(*filter(lambda x: counter[x]==1, l))
И вывод:
Counter({2: 2, 3: 2, 6: 2, 1: 1, 4: 1, 5: 1, 7: 1, 8: 1, 9: 1})
1 4
5 7
8 9