Я думаю, что ключ в том, что вы указали normalize =True
Это: "If True then the object returned will contain the relative frequencies of the unique values."
в соответствии с документацией.
До того, как вы удалили Na, значения Na используются для вычисления относительных частот, после того, как вы их удалили. , знаменатель относительных частот изменился, следовательно, значения изменились